اعتراض شدید وی به نمایندگان ویژه تعیین شده از سوی محمود احمدی نژاد سبب شد تا شایعه آغاز رایزنی‌ها درباره برکناری وی بر سر زبان‌ها بیفتد. شایعه‌ای که هرروز گسترده‌تر از روز قبل منتشر می‌شد. اعتراضی که اگرچه طرفدارانی در پارلمان ایران داشت اما سبب شد تا متکی بیش از گذشته مورد انتقاد رسانه های حامی دولت قرار بگیرد. در این میان حتی از سعید جلیلی و یا مجتبی ثمره هاشمی مشاور ارشد احمدی نژاد به عنوان جانشینان احتمالی وی نام برده شد. امری که از سوی دولت تکذیب نشد.
ضعف  دستگاه دیپلماسی کشور و بی نتیجه بودن رایزنی های شخص وزیر امور خارجه بخصوص در پرونده هسته ای و سرگردانی دیپلمات های ایران در تعامل با همسایگان و کشورهای منطقه از مهمترین دلایل تصمیم رئیس جمهوری برای تعیین نماینده ویژه برای برخی مناطق جهان بوده است.
تعیین نماینده ویژه رئیس جمهوری در ابتدا با سکوت وزیر امورخارجه و دستگاه تحت کنترل وی مواجه شد. اما آنچه متکی را واداشت تا برخلاف همیشه این بار در برابر تصمیم رئیس خود بایستد، سخنانی بود که بقایی سرپرست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری و یکی از چهار نماینده ویژه محمود احمدی نژاد بر زبان راند.
محمد بقائی به خبرگزاری‌های داخلی گفت که احمدی‌نژاد تصمیم دارد علاوه بر ? نماینده ویژه قبلی، دو نماینده ویژه دیگر، نیز برای آفریقا و آمریکای جنوبی تعیین کند.
محمد بقائی که خود با حفظ سمت در سازمان میراث فرهنگی، به عنوان نماینده ویژه رئیس‌‌جمهور در حوزه آسیا منصوب شده است همچنین  در برابر این پرسش که آیا نمایندگان ویژه رئیس‌جمهور از خارج از مجموعه وزارت امورخارجه تعیین خواهند شد، پاسخ داد که احتمالا چنین خواهد بود.

اظهارات بقائی، اعتراض شدید منوچهر متکی وزیرخارجه جمهوری اسلامی را برانگیخت و وی در سخنانی بی پرده رسما به تصمیمات احمدی نژاد در تعیین نماینده ویژه برای مناطق دنیا اعتراض کرد و گفت که مشخص نیست که آقای بقائی بر اساس کدام مسئولیت و از چه جایگاهی این سخنان نسنجیده را بیان می‌کند.
در حالی که هنوز آثار منفی اظهارات اخیر ایشان که موجب بروز مشکل در روابط خارجی شد، از بین‌نرفته است. اشاره متکی به سخنانی بود که بقایی درباره کشتار ارامنه در ترکیه گفته بود و اسباب زحمت دستگاه دیپلماسی کشور را فراهم آورده بود.
متکی همچنین با لحنی دیپلماتیک بدون اشاره به تعیین نمایندگاه ویژه توسط شخص احمدی نژاد اینگونه گفت که تضعیف دستگاه دیپلماسی کشور، به ویژه در شرایط کنونی، آن‌هم توسط برخی از اعضای دولت، مصداق بارز بر شاخه نشستن و بن بریدن است.
سخنان متکی آنقدر لحن گزنده ای داشت که خیلی ها انتظار برکناری وی را در همان برهه ها داشتند که البته به دلایلی این برکناری به تعویق افتاد. پیش از این هم احتمالاتی مبنی بر استعفای متکی در راهروهای وزارت امورخارجه به گوش می رسید که متکی استعفا نداد و درنهایت برکنار شد. 
   فارغ از ماجرای شهریور، متکی در اداره دستگاه دیپلماسی هم چندان کارامد نشان نمی داد و کمترین هماهنگی ها را با پاستور داشت.
یک مثال این ماجرا هم باز در همان شهریوری رخ داد که اتفاقاتش بلای جان متکی شد. در همان روزهایی که محمود احمدی نژاد در مجمع عمومی سازمان ملل سخن از دخالت و نقش نهادهای امنیتی و اطلاعاتی آمریکا در ماجرای یازده سپتامبر می داد، انتظار این بود که در دستگاه دیپلماسی هم این روند دنبال شود که نشد. آشفتگی های دستگاه دیپلماسی در ماههای اخیر بر کمتر کسی پنهان بود.
برکناری متکی را باید فصل نو و هوایی تازه در دستگاه دیپلماسی کشور دانست. با بررسی سوابق سرپرست تازه دستگاه دیپلماسی، اینگونه به نظر می رسد که علی اکبر صالحی توانایی بیشتری در پیگیری ایده آل های نظام در سیاست خارجی کشور دارا باشد.

منبع:ایران دیپلماتیک